项目二识别了长三角区域重点协同管控的跨界类型区，针对水环境协同中的地方诉求和共性问题，并结合国外美国五大湖流域跨区协同管理、欧洲莱茵河、日本琵琶湖等典型案例的经验和教训，提出了长三角区域环境协同的关键问题、基本原则、规划目标及总体方案。针对河流、湖泊、河口海岸、重要生态功能区等跨界类型区，提出了包括重点任务、协调规则和保障政策等的环境协同管理与精准施策途径，主要政策建议被纳入了《长三角区域生态环境共同保护规划（2020-2035）》。